Organem prowadzącym Szkołę jest Minister Edukacji Narodowej.
Nadzór pedagogiczny nad Kierownikiem Szkoły sprawuje Dyrektor Ośrodka Rozwoju Polskiej Edukacji za Granicą.
Nadzór nad działalnością Szkoły w zakresie spraw finansowych i administracyjnych sprawuje Dyrektor Ośrodka Rozwoju Polskiej Edukacji za Granicą we współpracy z Ambasadorem Rzeczypospolitej Polskiej w Królestwie Belgii.
Szkoła Polska im. Jana Pawła II przy Ambasadzie RP w Brukseli z siedzibą przy Polskiej Misji Katolickiej umożliwia uczniom uczęszczającym do szkół działających w systemie oświaty Królestwa Belgii, uzupełnienie wykształcenia w zakresie szkoły podstawowej i gimnazjum. Realizacja zadań odbywa się zgodnie z planem nauczania uwzględniającego ramy programowe kształcenia uzupełniającego w zakresie znajomości języka polskiego i wiedzy o Polsce.
Rue d'Angleterre, 43-45 1060 Bruxelles